Las Unidades Ejecutoras (UE) son Centros o Institutos que, bajo la responsabilidad de un director, realizan tareas de investigación científica, tecnológica o de desarrollo, organizadas en varias líneas de trabajo; disponen de una infraestructura de personal y equipamiento adecuado a la índole de su actividad, forma investigadores y técnicos y cuentan con un presupuesto de funcionamiento anual.

Los Centros de Investigaciones y Transferencia (CIT), creados a través de un programa de fortalecimiento institucional regional, promueven la conformación y consolidación de grupos de investigación orientados a la generación y transferencia de conocimientos en localizaciones en las que no se cuenta con presencia institucional del CONICET en función de las necesidades para el desarrollo socio-productivo local.

Los Centros Inter-jurisdiccionales (CIJ) creados por convenios entre múltiples organismos gubernamentales, nacionales y provinciales, y universidades nacionales, están orientados a profundizar la investigación, el desarrollo tecnológico y la transferencia en temáticas que se consideran estratégicas en términos científicos y del desarrollo productivo.

Los Centros de Servicios (CS) son unidades que tienen como objetivo principal la prestación de servicios especializados y tareas de apoyo para el desarrollo de actividades de investigación y transferencia científico-tecnológica.